Unificación y optimización del pipeline open source de reposicionamiento de fármacos drexml mediante la orquestación con Snakemake

Abstract

El reposicionamiento de fármacos es una estrategia eficaz para identificar nuevos usos terapéuticos de medicamentos aprobados, reduciendo costos y tiempos de desarrollo. DREXML es una herramienta que combina modelado mecanístico de transducción de señales con aprendizaje automático explicable para reposicionamiento de fármacos. Sin embargo, su implementación actual presenta fragmentación lo que compromete la reutilización, mantenimiento y reproducibilidad. Este trabajo propone la unificación e integración del pipeline de DREXML mediante orquestación con Snakemake, creando un sistema reproducible y escalable que automatiza la gestión de dependencias La validación empírica utilizando anemia de Fanconi como caso de estudio demuestra alta reproducibilidad , expansión del mapa de interacciones moleculares e identificación de oportunidades de optimización computacional.