Estudio del micobioma: estandarización y análisis de datos

Abstract

El microbioma engloba a los microorganismos y las condiciones ambientales en las que se encuentran. El micobioma es la comunidad fúngica perteneciente al microbioma y, aunque se encuentra de manera natural en el cuerpo humano, es de naturaleza oportunista. El estudio del micobioma ambiental es importante para comprender mejor el desarrollo del micobioma pulmonar, sin embargo, presenta una serie de retos desde la obtención de muestras hasta el análisis de las secuencias de ADN. En este trabajo se pretende estandarizar metodologías para la caracterización del micobioma, para lo cual se estudiaron muestras ambientales mediante métodos dependientes de cultivo y muestras tanto ambientales como pulmonares mediante técnicas NGS (Next Generation Sequencing). Las muestras ambientales fueron tomadas por un equipo de muestreo en una zona urbana (Villaverde) y en una zona semiurbana (Majadahonda) con los mismos parámetros de tiempo y volumen de aire recogido establecidos, y las muestras clínicas consistieron en esputos obtenidos de diversos hospitales de la Comunidad de Madrid. El hongo más comúnmente encontrado en las muestras ambientales fue Aspergillus fumigatus. Los resultados obtenidos por NGS mostraron más variedad de géneros frente a las técnicas dependientes de cultivo, pues son más precisas y pueden aportar más información acerca de las poblaciones fúngicas de una muestra. No obstante, los resultados dependen de las bases de datos de comparación.