Desarrollo de un módulo de análisis transcriptómico, mecanístico e integrativo

Abstract

Los mapas mecanísticos de enfermedad juegan un papel cada vez más relevante en el diagnóstico y análisis de enfermedades, lo que permite abordar el estudio de enfermedades desde el punto de vista de la biología de sistemas. Cambios en el mecanismo celular y en las rutas de señalización son potencialmente responsables de un fenotipo, al alterar la función celular. Es razonable pensar que cambios en la expresión de genes se traducen en cambios funcionales, mediados por cambios en la ruta de señalización en la que están implicados esos genes, pero muchas veces mediante aproximaciones clásicas no podemos evaluar el escenario celular en su conjunto. Existen métodos de análisis de estas redes mecanísticas, como son los métodos MPA (Mechanistic Pathway Analysis), como la herramienta Hipathia, que permiten modelizar situaciones en la célula, evaluando el impacto funcional sobre el mecanismo de un proceso, condición o enfermedad. Los miRNAs son pequeñas moléculas de RNA no codificante, cuya función es la regulación epigenética de genes, mediante su silenciamiento al unirse a la región 3’UTR del mRNA. Este silenciamiento, sin embargo, no siempre se ve reflejado en cambios en la cuantificación del transcriptoma, por lo que al modelizar los mecanismos celulares empleando únicamente la expresión de los genes, nos estamos perdiendo información relevante que puede estar afectando al proceso global. En este trabajo se ha desarrollado un pipeline de análisis, mediante scripts en R automatizados, que permite integrar la información de expresión de genes y el impacto de los miRNAs en una condición determinada, posibilitando la evaluación del efecto global sobre un mapa mecanístico.